小儿尖锐湿疣发生部位主要在外阴、尿道口、阴道口、包皮及肛周。国外报道男性小儿尖锐湿疣发病部位以肛周最为常见。
小儿尖锐湿疣还多见于咽喉部及口腔等部位，特别是在3岁以下婴幼儿的尖锐湿疣几乎都发生在咽喉部。部分小儿尖锐湿疣发生在咽喉部，主要发生在声带、声门、喉室等处。
尖锐湿疣发生的其他部位有牙龈、舌系带、上唇、舌腭弓及大小阴唇、尿道口、包皮、会阴。除上述部位外，据报道有的小儿尖锐湿疣还见于脐部、臀部、腹股沟、大腿、颈部、耳及手足等部位。
儿童尖锐湿疣患者要进行有关性病的检查，特别是要进行梅毒、淋病、非淋菌性尿道生殖道炎、生殖器疱疹、软下疳、艾滋病等性病的检查然后进行确诊。
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